Το κεφίρ είναι εξαιρετική πηγή προβιοτικών και ασβεστίου και μάλιστα μπορεί να καταναλωθεί και από όσους έχουν δυσανεξία στη λακτόζη. Είναι πλούσιο σε προβιοτικά και έχει αποδειχτεί ότι είναι σημαντικό για την υποστήριξη των υγιών βακτηρίων στο έντερο. 'Ερευνα έδειξε ότι το κεφίρ, λόγω της αντιοξειδωτικής του ικανότητας, προστατεύει τα κύτταρα του παχέος εντέρου από τις βλάβες στο DNA.